有機肥或無機肥單獨使用，各有優點，如果將二者同時使用或交替使用，可發揮兩類肥料的優點，互相彌補缺點。 根據肥料的性質，有些肥料可以混合使用，混合后雙方優點互補，增進肥效，如無機的過磷酸鈣肥料和有機的肥料混合使用就是一例。有些肥料則不能混合使用，如果盲目使用，就可能勞力費神，肥效降低甚至毒害魚類，如磷肥與石灰、草木灰等強堿性物質混合時，則生成了不溶性的磷酸三鈣，影響肥效，這類肥料就不能混合使用。
各種肥料是否可以混合使用，主要取決于它們本身的性質。一般而言，酸性肥料和堿性肥料不宜混合使用；混合后產生氣體逸出或產生沉淀而使養分損失的不宜混合使用；影響雙方肥料有效成分穩定性的不宜混合使用；混合后產生有毒物質，毒害魚類、破壞水質的肥料不宜混合使用。
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